Sin embargo, hubo una caída de rendimiento por parte del equipo y finalmente Cienciano resultó ser campeón, por lo que Alianza volvió a jugar un nuevo Play Off, tal como en el año del centenario, frente al cuadro incaico. Así, los líderes de ambos grupos disputaron el título Nacional en dos Play Offs. En el 2016, para conseguir el título nacional se debía quedar entre los 4 primeros para disputar la liguilla final, sin embargo, quedó a 3 puntos del cuarto lugar, que fue ocupado por Deportivo Municipal. Su rival, de nuevo la selección surcoreana, y la selección indonesa, que se retiró finalmente. El nuevo objetivo de Alianza Lima era entonces obtener el cupo como Perú 3 a la Copa Libertadores 2011. En las últimas fechas del Descentralizado disputó dicha clasificación con su eterno rival, Universitario. Al llegar a dicha instancia, Alianza solo logró el subcampeonato, pues cayó como visitante por 1:0 en el partido de vuelta frente a Universitario (previo 0:1 en la ida). Al término de las 44 fechas regulares, Alianza obtuvo el pase a la primera fase de la Libertadores, relegando a Universitario a la Copa Sudamericana.
Lamentablemente para sus intereses, Alianza terminó cuarto por diferencia de goles con Cienciano que terminó tercero. Goleador histórico en Copa Libertadores de América: Teófilo Cubillas con 13 goles. En el ámbito internacional, Alianza cumplió una nefasta campaña en la Copa Libertadores en la que desafortunadamente no logró conseguir punto alguno. A comienzos de los década de 1990 surgió una nueva barra, llamada Los Araucanos, que se ubicaba en el sector lateral derecho de la tribuna Andes del Estadio Germán Becker. En el sector izquierdo, se observa un triángulo horizontal; en el centro del mismo, se ubica el escudo del club blanquiazul. Los bordes del triángulo que encierra el escudo son de color rojo con blanco, simbolizando la patria peruana. El escudo es un rectángulo vertical de fondo blanco con bordes azules esquinados en la parte superior y bordeados en la parte inferior. Uniforme titular: Camiseta blanca con rayas azules, short blanco y medias blancas con dos líneas rojas horizontales. Uniforme alternativo: Camiseta negra con detalles verdes y azules, short negro y medias negras con dos líneas horizontales (una verde y otra celeste).
Tercer Uniforme: Camiseta negra con franjas horizontales verdes, pantalón negro, medias negras. El equipamiento de los futbolistas evolucionó significativamente desde los primeros días del deporte, cuando los jugadores vestían gruesas camisas de algodón, pantalones por debajo de las rodillas, medias hasta las rodillas y rígidas botas de cuero. Las partidas de sus principales figuras en la Libertadores como Wilmer Aguirre y José Carlos Fernández, hicieron que el equipo perdiera terreno en su lucha por el título nacional, el cual mantuvo su formato del año anterior. Un empate frente a Sport Boys le bastó para obtener el título. Ha anotado Armenia, así que el empate ya no les vale para clasificarse. El año 2013 se inició promisoriamente con la consolidación de Yordy Reyna, un jugador canterano que había mostrado grandes condiciones en la temporada anterior. Gerardo Pelusso fue el encargado de guiar a los blanquiazules en el Torneo Apertura de aquel año.
